FINDLOG: search near file: ../k998d/K998D000.000
 READSERIAL_WH: parse file ../k998d/K998D000.LOG
 down looking serial number is : 3898
 FINDLOG: search near file: ../k998u/K998U000.000
 READSERIAL_WH: parse file ../k998u/K998U000.LOG
   up looking serial number is : 754
LOADRDI: Loading data
 loading down-data ../k998d/K998D000.000
ISBB: BB-data 
 raw data has 733+2 bytes per ensemble
 read 4070 ensemble and 25 bins 
 using RDI bottom track
 removed 0 values because of low percent good
 loading up-data ../k998u/K998U000.000
 raw data has 653+2 bytes per ensemble
 read 4075 ensemble and 21 bins 
 removed 0 values because of low percent good
 try to shift timeseries by lag: -1 correlation: 0.9854
 shift ADCP timeseries by -1 ensembles
 number of joint ensembles is : 4070
 found 159 finite bottom velocities
 found 1 NaN bottom error velocities and discarded them
 removed 546 values because of high error velocity
 removed 0 bottom values because of high error velocity
** WARNING   WARNING  WARNING  WARNING  WARNING  WARNING **  
**  found  20  large horizontal velocities
** WARNING  check maximum velocity setting on CMD-file   ** 
 using whole profile since no start time was given
 removed 0 profiles due to larger tilt than 22
 removed 26 profiles due to larger tilt difference than 4
 multiply weight of bin 1 by 0.5
 Outlier discarded 3655 bins down looking
 Outlier discarded 2844 bins up looking
==> load data took 68 seconds
LOADNAV: load NAV time series ../ctdnav/99801.ctd
 can not find ../ctdnav/99801.ctd
LOADCTD: load CTD time series ../ctdnav/99801.ctd
 can not find ../ctdnav/99801.ctd
 WARNING found 99% of  hbot=0  WARNING
 call own bottom track routine to get bottom
 using increased bottom echo amplitudes to create bottom track
 use bin below maximum for bottom track 
 created 83 bottom track data from normal velocities
GETDPTHI: Depth from vertical velocity inverse method
 starting run 1 to LADCP depth
 make soundspeed based on pressure and ADCP temp
 correct velocities for sound speed 
 use LADCP depth from constrained integrated W 
 maximum depth from int W is :3836.092
 should be                   :NaN
 starting run 2 to LADCP depth
 bottom:3746.8117 @ 1396
 found 82 ill constrained elements
 use LADCP depth from constrained integrated W 
 maximum depth from int W is :3817.2442
 should be                   :NaN
Warning: Polynomial is badly conditioned. Remove repeated data points
         or try centering and scaling as described in HELP POLYFIT.
> In /usr/local/matlab61/toolbox/matlab/polyfun/polyfit.m at line 74
  In /home/felixt/ladcp/m/getdpthi.m at line 330
  In /home/felixt/ladcp/m/laproc.m at line 75
  In /home/felixt/A20/scripts/runme.m at line 85
  bottom found at 3995 +/- 1 m
 removing 1068 values below bottom
 remove data at begining and end of cast
 adjust start and end time 
PROBLEM WITH PROFILE 998: Reference to non-existent field 'poss'.


fid =

   358


ans =

    66

CRUISE
 Surveying Files
 Found 84 Files to Process
  r0001.nc
  r0002.nc
  r0003.nc
  r0004.nc
  r0005.nc
  r0006.nc
  r0007.nc
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 Cruise ID: A20
 Surveying Files For All Possible Dimensions and Variables
  r0001.nc
  r0002.nc
  r0003.nc
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  r0005.nc
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  r0084.nc
 Found 35 Dimensions
  z
  tim
  zbot
  date
  name
  GEN_Velocity_Units
  BAR_ref_descr
  BAR_tide_model
  LADCP_dn_hard_type
  LADCP_dn_hard_TNO
  LADCP_dn_hard_comp_type
  LADCP_dn_hard_general_comments
  LADCP_dn_conf_ping_stagr
  LADCP_dn_conf_coord_system
  LADCP_dn_conf_general_comments
  LADCP_up_hard_type
  LADCP_up_hard_TNO
  LADCP_up_hard_comp_type
  LADCP_up_hard_general_comments
  LADCP_up_conf_ping_stagr
  LADCP_up_compass
  LADCP_up_conf_coord_system
  LADCP_up_conf_general_comments
  GEN_conf_general_comments
  GEN_Matlab_version
  GEN_Processing_personnel
  GEN_Processing_date
  GEN_Proc_methodology
  GEN_Software_orig
  GEN_Sound_sp_calc
  GEN_Depth_source
  GEN_Editing_parm_descr
  GEN_Proc_general_comments
  z_sadcp
  cast
 Found 130 Variables
  z
  u
  v
  nvel
  uerr
  range
  range_do
  range_up
  ts
  ts_out
  p
  u_do
  v_do
  u_up
  v_up
  ensemble_vel_err
  u_shear_method
  v_shear_method
  ctd_t
  ctd_s
  ctd_ss
  ctd_N2
  tim
  shiplon
  shiplat
  xship
  yship
  uship
  vship
  zctd
  wctd
  uctd
  vctd
  xctd
  yctd
  uctderr
  zbot
  ubot
  vbot
  uerrbot
  lat
  lon
  date
  name
  GEN_Velocity_Units
  GEN_LADCP_station
  GEN_LADCP_cast
  GEN_Profile_start_decimal_day
  GEN_Profile_bottom_decimal_day
  GEN_Profile_end_decimal_day
  GEN_Profile_start_longitude
  GEN_Profile_end_longitude
  GEN_Profile_start_latitude
  GEN_Profile_end_latitude
  GEN_Ocean_depth_m
  GEN_Profile_max_depth_m
  GEN_Magnetic_deviation_deg
  BAR_ref_U
  BAR_ref_V
  BAR_ref_error
  BAR_tide_U
  BAR_tide_V
  INPUT_SADCP_profile_avail
  INPUT_Pegasus_profile_avail
  INPUT_Bottom_track_profile_avai
  INPUT_Nav_time_series_avail
  INPUT_CTD_time_series_avail
  BAR_ref_descr
  BAR_tide_model
  LADCP_dn_hard_type
  LADCP_dn_hard_freq_kHz
  LADCP_dn_hard_SN
  LADCP_dn_hard_FV
  LADCP_dn_hard_TNO
  LADCP_dn_hard_beam_ang_deg
  LADCP_dn_hard_comp_type
  LADCP_dn_hard_general_comments
  LADCP_dn_conf_blank_intvl_m
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  LADCP_dn_conf_pulse_len_m
  LADCP_dn_conf_number_bins
  LADCP_dn_conf_ping_stagr
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  LADCP_dn_conf_number_pings
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  LADCP_dn_conf_single_ping_acc
  LADCP_dn_conf_coord_system
  LADCP_dn_conf_bottom_trkr
  LADCP_dn_conf_general_comments
  LADCP_up_hard_type
  LADCP_up_hard_freq_kHz
  LADCP_up_hard_SN
  LADCP_up_hard_FV
  LADCP_up_hard_TNO
  LADCP_up_hard_beam_ang_deg
  LADCP_up_hard_comp_type
  LADCP_up_hard_general_comments
  LADCP_up_conf_blank_intvl_m
  LADCP_up_conf_bin_len_m
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  LADCP_up_conf_number_bins
  LADCP_up_conf_ping_stagr
  LADCP_up_conf_ping_trns_intvl_s
  LADCP_up_conf_number_pings
  LADCP_up_conf_vel_ambiguity
  LADCP_up_conf_single_ping_acc
  LADCP_up_compass
  LADCP_up_conf_coord_system
  LADCP_up_conf_general_comments
  GEN_LADCP_ensemble_time_mean_se
  GEN_LADCP_ensemble_time_std_sec
  GEN_conf_general_comments
  GEN_Matlab_version
  GEN_Processing_personnel
  GEN_Processing_date
  GEN_Proc_methodology
  GEN_Software_orig
  GEN_Sound_sp_calc
  GEN_Depth_source
  GEN_Percent_3beam
  GEN_Editing_parm_descr
  GEN_Inverse_weight_bottom
  GEN_Inverse_weight_navigation
  GEN_Inverse_weight_smooth
  GEN_Proc_general_comments
  z_sadcp
  u_sadcp
  v_sadcp
  uerr_sadcp
  Kz
 Creating Dummy Arrays For Every Cast
 Loading Cast Data
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 Creating Cruise NetCDF File
 Saving Dimensions
  z
  tim
  zbot
  date_num
  GEN.Velocity_Units_char
  cast
  BAR.ref_descr_char
  BAR.tide_model_char
  LADCP.dn_hard_type_char
  LADCP.dn_hard_TNO_char
  LADCP.dn_hard_comp_type_char
  LADCP.dn_hard_general_comments_char
  LADCP.dn_conf_ping_stagr_char
  LADCP.dn_conf_coord_system_char
  LADCP.dn_conf_general_comments_char
  LADCP.up_hard_type_char
  LADCP.up_hard_TNO_char
  LADCP.up_hard_comp_type_char
  LADCP.up_hard_general_comments_char
  LADCP.up_conf_ping_stagr_char
  LADCP.up_compass_char
  LADCP.up_conf_coord_system_char
  LADCP.up_conf_general_comments_char
  GEN.conf_general_comments_char
  GEN.Matlab_version_char
  GEN.Processing_personnel_char
  GEN.Processing_date_char
  GEN.Proc_methodology_char
  GEN.Software_orig_char
  GEN.Sound_sp_calc_char
  GEN.Depth_source_char
  GEN.Editing_parm_descr_num
  GEN.Proc_general_comments_char
  z_sadcp
  cast_id_char
 Saving Variables
  EXTRA.PROFILE.Kz
  EXTRA.PROFILE.ctd_N2
  EXTRA.PROFILE.ctd_s
  EXTRA.PROFILE.ctd_ss
  EXTRA.PROFILE.ctd_t
  EXTRA.PROFILE.ensemble_vel_err
  EXTRA.PROFILE.nvel
  EXTRA.PROFILE.p
  EXTRA.PROFILE.range
  EXTRA.PROFILE.range_do
  EXTRA.PROFILE.range_up
  EXTRA.PROFILE.ts
  EXTRA.PROFILE.ts_out
  u
  EXTRA.PROFILE.u_do
  EXTRA.PROFILE.u_shear_method
  EXTRA.PROFILE.u_up
  uerr
  v
  EXTRA.PROFILE.v_do
  EXTRA.PROFILE.v_shear_method
  EXTRA.PROFILE.v_up
z
  z
  EXTRA.TIMESERIES.shiplat
  EXTRA.TIMESERIES.shiplon
tim
  tim
  EXTRA.TIMESERIES.uctd
  EXTRA.TIMESERIES.uctderr
  EXTRA.TIMESERIES.uship
  EXTRA.TIMESERIES.vctd
  EXTRA.TIMESERIES.vship
  EXTRA.TIMESERIES.wctd
  EXTRA.TIMESERIES.xctd
  EXTRA.TIMESERIES.xship
  EXTRA.TIMESERIES.yctd
  EXTRA.TIMESERIES.yship
  EXTRA.TIMESERIES.zctd
  EXTRA.BOTTOM.ubot
  EXTRA.BOTTOM.uerrbot
  EXTRA.BOTTOM.vbot
zbot
  zbot
  date
  GEN.Velocity_Units
  BAR.ref_U
  BAR.ref_V
  BAR.ref_error
  BAR.tide_U
  BAR.tide_V
  GEN.Inverse_weight_bottom
  GEN.Inverse_weight_navigation
  GEN.Inverse_weight_smooth
  GEN.LADCP_cast
  GEN.LADCP_ensemble_time_mean_se
  GEN.LADCP_ensemble_time_std_sec
  GEN.LADCP_station
  GEN.Magnetic_deviation_deg
  GEN.Ocean_depth_m
  GEN.Percent_3beam
  GEN.Profile_bottom_decimal_day
  GEN.Profile_end_decimal_day
  GEN.Profile_end_latitude
  GEN.Profile_end_longitude
  GEN.Profile_max_depth_m
  GEN.Profile_start_decimal_day
  GEN.Profile_start_latitude
  GEN.Profile_start_longitude
  INPUT.Bottom_track_profile_avai
  INPUT.CTD_time_series_